千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。 为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。 在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼..

2112年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。 槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。 最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪 2116年，日本政府开始向战乱国..

2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー?夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。 監視官の霜月美佳は、執行官?宜野座伸元らと..