持续在世界各地进行修业之旅的小智、小刚和小光，历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。 小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。 小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾..

小智带着皮卡丘，和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。 路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴的少女麦亚丽。 胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场..