妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

酷酷的海神航是勝利補習班第一名的資優生，但因為一時糊塗導致高中落榜。當他還在懊惱不已時卻突然莫名其妙被送進位在希望之島的星見丘西學園。來到島上的第一天，他在不同的地方遇見了四個不同的女孩，最令他驚觃的是她們居然自稱是