工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查..

与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！

所谓的除妖，即是把由于某些缘由而从原本应在的隐世来到现世停留的妖怪们送回隐世这一工作。某天，被妖怪附体的高中生芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉..

完全不相信妖怪存在的芦屋花绘，某天突然被一个毛茸茸的妖怪缠上，从此葬送了平凡的高中生活。

在遥远的地方，有一个洋溢着各式各样的童话故事、可爱和快乐的国家童话国度（Mrchen Land）。然而，恶之皇帝皮耶罗（Piero）把童话国度的女王彻底封印。精灵糖糖（Candy）随即前往地球，寻找传说中的战士光之美少女。

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施太平洋浮标。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的新技术的测试也在进行中

钥圈儿出现在皮卡丘和伙伴们面前，将它插进飘浮在空中的神秘钥匙孔，就出现了奇幻王国。钥圈儿似乎拥有通往各个不同世界的钥匙，不知道皮卡丘的钥匙会带领大家前往哪个世界呢？