突袭世界的大灾难第二次冲击后，世界在废墟之上重建。 14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。 本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火。 危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将..

本片由三段互无关联的故事组成。 《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自宇宙坟场的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。 队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾..

故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训..