工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查..

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现..

柯南等人受邀前往大阪参与电影《大怪兽哥美拉VS假面超人》的揭幕式，但制片人米仓却在库房离奇死于巨大怪兽道具的身下。 众人用来系住怪兽的绳子被锋利物体划断，大阪警署认为这绝不仅是一场简单的事故......

成为第三次冲击元凶的碇真嗣，变得像废人一样 真嗣还能振作起来吗？

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。 在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真..

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波明日香兰格蕾。 与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少..

突袭世界的大灾难第二次冲击后，世界在废墟之上重建。 14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。 本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火。 危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将..

晴朗时节，江户川柯南和毛利小五郎、小兰以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海。 谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一..