忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处，但史莱德同时也发现这一秘密，于是他们之间又展开了新一轮的战斗，而忍者神龟们也在战斗中得到了提高！

纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。 暴躁冲动却富有激情的拉斐尔，幽默风趣的的米开朗基罗，个性沉稳的多纳泰罗以及他们的领导者达芬奇，这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良..