本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。 同时新的奥特战士雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士迪亚波罗亦将登场。

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娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择......

堡垒纪元2115年，边境部队出身的女少校位沁，来到中央堡垒参加天选者选拔，并因暗中追查边境惨案而屡遭暗杀。此时，堡垒头号公敌元一策动了一场诡谲浩大的反抗行动。一时间，各方势力都被卷入这场行动。