系列第23部特别篇，讲述的是剧场版《Z》之前骗人布给布鲁克讲述梅丽号经历的故事。

在㇐个小岛上，世界上最受欢迎的神秘女歌手美音，将首次公开在众人面前表演。 美音拥有被赞赏为异次元的优美声音，会场上坐满了来自世界各地的粉丝，包括海贼 及海军...... 全世界期待已久的歌声即将回荡！ ..

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在一个风和日丽的日子，草帽海贼团正悠闲地在海上航行。 突然，天空中出现一个漂浮的小岛，娜美及时通知各位规避即将到来的龙卷风，她的能力引起了小岛上海贼的注意。 这个海贼首领非同寻常，他名叫金狮子史基，在大海贼时代到来前曾和哥鲁德..

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。 在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真..

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波明日香兰格蕾。 与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少..

突袭世界的大灾难第二次冲击后，世界在废墟之上重建。 14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。 本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火。 危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将..