为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。 但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已...... 话虽如此...... 不论过了多久，人类之敌涅洛伊都迟迟不来...... 世界各国的魔女们..

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波明日香兰格蕾。 与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少..

《苍穹之法芙娜》重大发表新作《苍穹之法芙娜 THE BEYOND》制作决定。