故事讲述住在诺斯特拉达姆斯邻镇的努斯特拉达马斯留下了一个预言：在 20 和 23 并列的年份，天上会降下两道光芒。一道是黑暗之光，另一道是小小的白光不久，黑暗之光就会拥有强大的力量，扰乱和平，给世界带来巨大的混乱。

故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。

一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。 二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。 新之助被绑架了。 屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量..

一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。 二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。 新之助被绑架了。 屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量..

讲述小新等人组成的春日部防卫队受风间之邀，前往一所高档的私立学校体验生活，但风间却在体验入学后不久因奇妙的原因变成了一个笨蛋。 春日部防卫队将和这所学校的学生会会长一起，克服一道道难题。

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。 但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。 火箭队的老大出现在超梦的面前，用..

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为温泉G组的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。 然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音..

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智，以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘和同伴小霞小刚..

小智一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉。 弗卢拉选中了小智作为庆典的指挥者，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。 只有集齐..