东京大街上的一角，某栋高楼的顶层废弃小屋中。 町屋翔太正在制作梦想中的火炬，而他的朋友绫瀬明日奈的父亲的尸体，出现在了这座大厦。 警察的调查没有什么结果。 但第2天一位白发少女给翔太送来了明日奈的父亲写给翔太的死后文死去..

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为温泉G组的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。 然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音..

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波明日香兰格蕾。 与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少..

突袭世界的大灾难第二次冲击后，世界在废墟之上重建。 14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。 本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火。 危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将..

宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆、美树沙耶香、巴麻美以及佐仓杏子守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的梦魇，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。 这一天，美丽女孩晓美焰作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也..