该片讲述了美国政要遭到无名变种人的刺杀，美国国防部部长史崔克下令包围X学校，并抓走了X教授的几名学生，而万磁王已经被关入监狱中服刑，随着变种人与人类的矛盾越来越大，一对老冤家不得不联起手来对抗以国防部部长史崔克为首的人类军队。