在偏僻的小村庄雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。 而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。

以成为神奇宝贝大师为目标，小智、小刚和小光带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。 在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。 谁知却遭遇了极其危险的情况。 ..

TVアニメ「Free!－Dive to the Future－」を再構築し、新規エピソードを追加した劇場版。