以成为神奇宝贝大师为目标，小智、小刚和小光带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。

在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。

谁知却遭遇了极其危险的情况。

关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜、凯宾帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。

从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……