被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智，以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘和同伴小霞小刚..

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。 这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石天空的贵妇人的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务..