被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。

已经得到了八个勋章的小智，以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘和同伴小霞小刚刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。

地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。

他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。

一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。

没想到出现在大家面前的竟然是超梦。

超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......