舞台是19世纪末。 阿尔比恩王国由于共和革命而分裂。 被巨大的墙壁分断的首都伦敦，东侧由王国、西侧由共和国统治，成为各国间谍活跃的暗影战争最前线。 革命之后10年，王国名门梅菲尔女王校出现了以女高中生为伪装、身为共和国间..

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智，以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘和同伴小霞小刚..