为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。

深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。

与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

他强迫伊藤博文对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助则匆匆向东京赶去。

再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……