第一季的最后一集，当迈克和林肯他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。

逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。 

FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。

另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……

一切阴谋似乎都在慢慢揭开。