一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。

二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。

新之助被绑架了。

屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。

于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。